Dergâhın III. Avlusu’nda, Kırklar Meydanı’nın girişinde bulunan Hacı Bektaş Velî Türbesi kesme taştan kare planlı, üzeri kubbeli olarak yapılmıştır. Kubbenin üzeri dıştan ahşap çatılı sivri kurşun bir külahla örtülüdür.

Türbe üzerindeki âlemde; “Ya Fettah”, “Vakf-ı ‘aleyni kethüda-i Yeniçeriyan-ı Dergâh-ı Aliyye” “1028” ibaresi kayıtlıdır.

Türbenin cephesinde yan yana üç kemerli bir eyvan bulunmaktadır. Ortadaki büyük kemerin altındaki demir parmaklıklı çift kanatlı bir kapıdan içeriye girilmektedir. Buradaki kemerin üzerine çarkıfelek, Oniki İmam’ı temsil eden altılı yıldız, ay ortasında teslim taşı motifleri işlenmiştir. Türbenin giriş kapısı mermer ve oyma olup, sonradan bunlar alçı oymalarla takviye edilmiş ve daha zenginleştirilmiştir. Kapının üzerinde yazıya benzer bir kabartma ve balık motifi görülmektedir. Giriş kısmındaki mermer çıkıntılar üzerine de ikisi sağda, ikisi de solda olmak üzere dört güvercin kabartması eklenmiştir. Kapının en üst noktasına “Allah”, onun biraz altına sekiz defa yinelenen “El Hayy El Kayyum El Vâcid El Macid El Vâhid El Ahad” yazısı yazılmıştır.

Türbe içerisinde Hacı Bektaşî Velî’nin yüksek sandukası bulunmaktadır. Türbenin içerisi XV. ve XVI. yüzyıla tarihlendirilen kalem işleri ile bezenmiştir. Ayrıca çeşitli ayetler ve yazılar da onları tamamlamaktadır.

Kapıdan sekiz basamaklı bir merdivenle çıkılan türbeden sonra düz bir bölüme gelinmektedir. Bu geçidin sonunda türbe girişinin yanında yapı kalfası Yanko Medya’nın mezarı olduğu söylenen bir mezar bulunmaktadır. Bu mimar çatıda çalışırken ayağı kayarak düşmüş, düşerken de “Yetiş Ya Hazreti Pir” diye bağırdığı sırada sanki birisi tarafından tutulmuş gibi yere rahatça inmiştir. Bu mimar, Hacı Bektaş Velî’ye bağlı ve onun yolunda olduğu için öldükten sonra kendi vasiyeti üzerine, türbenin yanına Pir’in kapısının eşiği altına, gömülmüştür.

Pir Evi giriş kapısına Ak Kapı ismi verilmiştir. Bu kapı düzgün mermerden yapılmış, üzeri de Selçuklu dönemine tarihlenen motiflerle bezenmiştir. Kapının üzeri sarkıtlıdır ve iki yanına da hücreler yerleştirilmiştir. Kapı kemerinin üzerindeki kilit taşına, Selçukluların çift başlı kartalı, altına da boya ile ibrik şeklinde bir yazı eklenmiştir. Ak Kapıdan iki basamaklı bir merdivenle bir koridora geçilmektedir. Bu koridorun sağ tarafında ise Çilehane veya Kızılca Halvet denilen mekân bulunmaktadır.